袁世凯及其北洋集团，将西南的共进党当成了比之同盟会更甚的心腹大患和头号大敌。对此，远在成都的肖沐白自然是毫不知情。此时的肖沐白，却是一脸严肃的坐在办公室里，听着蒋方震和蔡锷两人的汇报。
能劳烦这两位要向肖沐白所作的汇报，那自然就不会是什么小事。更何况，此次还是两人一同做汇报。
这事的根源，其实还得从十三世达赖喇嘛说起。晚清时期，英军第二次入侵西藏，甚至一度占领拉萨。而在印军抵达拉萨前夕，十三世达赖从布达拉宫出走，翻过唐古拉山，进入青海，前往外蒙古，抵达库伦时，意欲逃亡俄国。幸好这个时候被当时的满清驻外蒙古大臣所劝阻，才没能成行。之后，得到消息的清廷，不问青红皂白便下旨剥夺了其十三世达赖的名号。这事自然就引起了藏地民众的不满之情，但清廷还是一意孤行，这样也就为日后藏地动荡的局势埋下了隐患。
此后，达赖赶赴北京觐见光绪皇帝和慈禧太后，请求颁给金册。但这个时候，因为清廷要其以大臣的礼节参拜光绪皇帝及其慈禧太后，最后鉴于形势，达赖只得以单腿跪地的形式进行参拜。而这一切，让长期以神自居的达赖感觉到了莫大的侮辱，也让其内心对清廷开始更加的不满。
之后，十三世达赖返回拉萨。这个时候，驻藏大臣联豫正在藏地实行新政改革，而因为其推行各项改革，触动了寺庙喇嘛、以及土司头人的利益，引起西藏动乱，因此联豫奏请朝廷派川军入藏以威慑弹压。按理讲这是正当的，西藏是大清帝国的领土，为了保卫边疆、巩固国防，中央政府有权利派遣军队进入西藏。
而达赖却是强烈反对，力求撤军，并征调藏军阻截川军入藏。等到次年3月，川军进抵拉萨，由于其军纪败坏，发生抢劫藏人和枪杀喇嘛的事件，感觉自身安危受到危险的达赖，便带着少数随从逃向印度，这个昔日的敌人英国人的势力范围下。这样一来，清廷随后便下令革去了达赖喇嘛的名号。
然而西藏的局势并没有因此而得到缓和，反而随着十三世达赖喇嘛的名号被革除，使得双方矛盾更加尖锐。
等到武昌起义的消息传到西藏，驻藏的川军很快在哥老会的组织下集体哗变，扣押了驻藏大臣联豫，杀死军官，并且竖起了“大汉革命”的旗帜。但是，由于这些乱军的领导人都是四川袍哥出身，良莠不齐，反而为争夺西藏的领导权展开了混战。这样一来，兵丁四出抢掠，互相残杀，顿时激起了当地藏民对川军以及在藏汉人的强烈不满。
这个时候，英国政府也认为，现在中国内部战乱不已，中央政权空前消弱，不可能支援边疆地区，一时无力顾及边疆地区，正可趁机将西藏从中国分裂出去。在此情况下，拟定了入侵西藏的指导方针后的英国印度事务部，开始频繁的接触待在印度的十三世达赖喇嘛了。
就这样，出逃到印度的十三世达赖，开始发表了所谓的“告民众书”，声称“总期西藏全境汉人绝迹，是为至要”。并且在英印总督支持下，派其心腹达桑占东潜回西藏，策划武装叛乱。潜回西藏的达桑占东，拼凑万人组成“西藏民军”，也开始围攻拉萨、日喀则、江孜等地的入藏川军。
紧接着，由于肖沐白迅速出兵，很快便控制住了四川的局势。在支援了在藏川军的补给后，肖沐白便任命原左参赞罗长裿为西藏办事长官，而驻藏川军以及川边地区的三千边军则一起被肖沐白改编为西南军第七师的一部。
但很快，西藏愈加动荡的局势。已经远非一个罗长裿所能控制的了。在英国人的支持下，藏军补充了大量军火物资之后，已经开始准备反攻了。
而鉴于这种形势，在请示了肖沐白之后，罗长裿只得带着原驻藏川军，现在第七师二十团的官兵。开始撤到了川边昌都地区驻防。
当然，这事还不算完，看到川军撤走的藏军，当然是欢欣鼓舞。取得了这么大一个胜利，赶走了汉人，能不欢欣吗？就这样，控制了拉萨、日喀则及其江孜等地的达赖及其藏军，却是愈加猖狂了。在英国的支持下，他们开始向川边进发了，因为川边地区也是传统的藏地，他们当然要收复领土了。