孙承宗向崇祯汇报了总参谋部对此次行军军演作出的检讨和总结之后，随后便奉上了京畿都督府军制变革的完整计划。
这份计划汲取了这次军演的教训，也符合了年初提出的，京畿都督府名下军队重新整编，事权一统的需求。
茅元仪为崇祯讲解着这份计划的主要内容，首先是原本泾渭分明的新军训练营、京营及左良玉率领的辽西边军，在这次整编计划中将会尽可能的打乱混编。
新军制是在去年野战军编制计划上的重新调整，原先新军的指挥层级是排、连、营、团、旅、师，但是军演暴露出来的指挥不畅问题，使得总参谋部重新调整了军队指挥中枢。
步兵的编制为:每五人为一伍，设伍长；每十人设一什，设什长；三什为一排；四排为一连；四连为一营；四营为一团；三团为一师。一个营被压缩到了540人，一个团则是2325人，一个步兵师则是7600人。
车骑师5400人，骑兵师3200人。京畿都督府下设2个骑兵师，2个车骑师，2个步兵师，共计32400人，此外还有两个新兵训练师，各5000人编制，用于替换各军的退役士兵。
如此一来，原本京畿都督府名下管理的各部官兵，将统一被编为新编皇家陆军的番号，同他们之前的来源再无联系了。
吴怀依旧率领自己的骑兵第一师，而原本的骑兵第五联队则升级为骑兵第五师，骑兵第一师拨出了一个联队用于加强骑兵第五师，总参谋部又同时往这两个骑兵师内补充了不少人手，使得吴怀对于这两个骑兵师的影响力大大的降低了不少。
除了吴怀依旧率领骑兵第一师外，其他五只军队分别由左良玉、黑云龙等人所率领。阎应元、金国凤等军校毕业生，则大多提拔到了团、营一级的职位上。
以这个计划进行整编，总参谋部对于京畿都督府的控制反而得到了加强，而总参谋部权力的增强，便也是崇祯对京畿军队控制权力的增强。
朱由检听完了整个整编计划之后，只是稍稍沉默了一阵便说道:“那就按照总参谋部的请求，按照这份整编计划改组京畿都督府，不过朕希望整个计划能够在7月底8月初完成，新编皇家陆军能够在8月底前初步磨合完成。
本次军演淘汰下来的一营军士及一部分平时表现较差的武官，改组为地方警备部队，调任上海市。然后以他们为核心，在当地招募一些人手，组建上海警备师，以保卫上海市。该部队的管理权力属于总参谋部，地方官员不得插手，但是在突发状况下，可接受地方官员的请求，维护地方上的治安或保护平民。”
对于崇祯的提议，茅元仪自然是心生欢喜的。总参谋部成立以来，就一直在同文官、边镇将领和内地卫所争夺对军队的控制权力，但是除了新成立的新军之外，对旧有军队的管理权力一直进展缓慢。
特别是对江南地区的军事力量，总参谋部下达的改制整顿命令往往被当地卫所将领阴奉阳违，又或是被南京的勋贵所阻扰。
即便是鹿善继等人在南京设立了军校，但是缺乏了皇帝在当地的震慑，南京城内的勋贵们依旧把持着本地的军队和卫所，使得总参谋部的影响力无法在当地得到任何回应。
如果有了这么一支从北方调去的军队，那么起码也算是在江南地区插入了一根钉子，让南京军校培养出来的军官们，不至于被那些南京勋贵、卫所将领所排挤。
茅元仪刚刚答应了一声，崇祯又继续说道:“除了京畿都督府名下军队进行整编之外，城内的锦衣卫、皇城的侍卫亲军，总参谋部也拟一份整编计划出来吧。
侍卫亲军就不说了，既然是亲军，将来必然也是要上战场的，就按照作战军队进行整编。至于锦衣卫，现在已经分离出了巡警和治安部队，巡警这块就不必去理会，从治安部队中挑选出一个师的编制，作为京城内城的守御部队，剩下的依旧作为维护京城治安的武装警备力量。”
茅元仪尚未开口，孙承宗已经匆匆对着崇祯说道:“陛下，让总参谋部对侍卫亲军和锦衣卫进行整编，是不是有所不妥？这两只部队一向都是陛下亲领，勋贵佐之，外臣不得干预。总参谋部虽然忠诚于部下，但是干预陛下亲军事务，恐怕有擅权之嫌。”
对于孙承宗的担心，朱由检却没有放在心里，他毫不在意的说道:“总参谋部不过是对这两只部队进行整编及训练，他们的领导权力依然直属于朕，因此不算什么擅权之举。
更何况，现在这两只军队久不上战场，平日除了守卫皇城内外，维护京城治安，缉拿官员及要犯之类的工作，那里还有半分军队的样子。
虽然去年朕让连善祥稍稍整顿了下侍卫亲军的军纪，但终究不是什么练军正途。此次借着京畿都督府整编军队的名义，让两军也彻底整顿一下，朕也能安心一些。否则真要上了战场，朕怎么能指望他们来保卫朕呢…”