解决完松永久秀，就剩下荒木村重的叛乱没有解决了，荒木村重在看到松永久秀灭亡，而石山本愿寺没有出兵援助，失望之下只能笼城固守，而且将村次所娶的光秀次女送还了明智家。
断然决定对抗畿内的霸主信长，带给村重的是孤独的笼城战。村重的谋叛能否成功，实际上取决于毛利家，只有毛利的援军能将荒木军从笼城的困境中解救出来。
然而，毛利家援军迟迟不到，荒木村重一度震动畿内的叛变行动，终于变为无果的挣扎。
最大的打击，是荒木村重的左右手高山右近重友、中川濑兵卫清秀先后于七月月九日、二十四日开城投降。
荒木村重谋反后，织田信长立刻开始外交行动，高槻城主高山右近本来就不很赞成荒木村重谋反，京都南蛮寺神父阿尔甘诺因信长的威胁入城劝说，这位著名的基督徒只得降伏。
茨木城主中川濑兵卫是荒木村重的表弟，少年时就一直跟随他的旧臣，而且还是荒木家中主张谋反一派的首领——现在也离开了他。
这两位重臣既然和平开城，原本以寄骑方式依附村重的摄津小豪族也就见风使舵，纷纷降伏了织田信长。
七月九日，信长经能势街道布阵刀根山，传令诸将攻略摄津。此前一天，织田军先锋万见重元、堀秀政、菅屋长赖等人在有冈城外布置铁炮队，万见重元进城战死。
八月，荒木村重笼城有冈城，织田信长返回安土。明智光秀曾向信长进言，只要荒木村重投降，就免他一死。但是，荒木村重根本不考虑这个建议，信长因而大怒。
笼城持续了三个月之后，羽柴秀吉军阻碍了毛利家的军粮运输，有冈城中粮食将尽。
天正五年十月二日，荒木村重经过化装，从懈怠的蒲生忠三郎赋秀（氏乡）阵地逃出，离开仇敌伊丹兵库头殒命之地，进入儿子荒木村次所守的尼崎城。
随从只有乾助三郎、森本六兵卫、本条庄右卫门、秋冈次郎太夫等侧近五、六人。助三郎手上，竟然还抱着“兵库壶”、“立桐筒”这些茶具。
荒木村重抛弃妻子、将士，完全不顾名誉地逃离有冈城，导致城内军心彻底崩溃。织田军大将泷川一益得知此事后甚至不敢相信。
不久，有冈城西南面上腊冢砦（又称女郎冢砦）副将宫肋平四郎向一益表示效忠，引导织田军发动总攻击，接连攻下有冈城附近各砦，守将野村丹后守、渡边勘太夫等人自杀。
《信长公记》记载，泷川左近使臣佐治新介与上腊冢砦守将中西新八郎交涉，中西所部足轻大将星野、山肋、隐岐、宫肋谋反，引泷川大军入上腊冢。是时荒木势大溃，上下纷纷逃入城中，亲子兄弟不得相保，啼泣遍地，战况极为凄惨。
是年十一月十九日，明智光秀说服城内留守将领荒木久左卫门、池田和泉开城，二十四日有冈城陷落。
第二年信长命池田恒兴的长子之助担任有冈城主，天正十一年池田之助被秀吉转封美浓后，有冈城就废弃了。
十二月十三日，信长在尼崎城郊外七松地方屠杀有冈城中村重的妻子儿女仆从，以刺激城内的荒木村重。
佛洛伊斯的《日本史》记载：“他首先将一百二十名地位较高的女人绑在十字柱上刺死，第二次的处刑是对完全无罪的人处以残酷的屠杀，其残暴前所未闻。第三次处刑更加恐怖，毫无人道。他将五百一十四名民众分别关在四间平房，其中有一百八十人是妇女。他收集大量的木材，放火将他们活活烧死。那些男女发出悲惨恐惧的喊叫声。”